mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTTCCTAAATATAAGAT TTTACTATAGGAACGGAGGT TGAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGATCTTTTAAAGATTTTACTATAGGAACGGAGGTAGTTTGTT GCTGGACCACGAAGTGCTCTTTTTAAGCTATGCAAGAGGTTGCAGTGGCCCATGCCAGAATTCGAATTTGTGGAACAAAGGTTCAGGACTCCTATTGTTCTGGACGGGGTAACCACAACGAACTTCAATAGCTTCGTGTCAACCATCACCTTGCACATACCTGATGTAACTGCCATTACAATTCAAGGCAAGCGGCAAACTGACAAAAAGAGCTCCCAGGATTCAGCGTCGCTGATAATGCTCCACAAGCTTCAAGAGCTCAAGGTCTGTATATGCAAGACTTAGCAAAGCATCATGGATCCACTTGCCAGCTAATTGCTATGGCTCGTTAACCTGGGGATCTTATCCTCCATCCCAAAGTGAATTACTCCCTCCGTTCCTAAATATAAGATCTTTTAAAGATTTTACTATAGGAACGGAGGTAGTTTGTTGGAAATGTTTATGAAAGGCTCGGTGATGGTGCTAGATTATCCTGCAGGATATCTTAGCAGTATTAATGCCTGTCTTCCGAAAATAACACTATACAATTTCACTTGCTGGACAATTAAAACATTTTGCAAGAACTGATATTGCTTTGGTTTGAATCCATATTTGGGTCAATTATTGAC 3 1 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 0.000000000004 tae-MIR1126 0.000003 -27.8 ..(((.(((.((((((((((((....(((((((((...)))))))))...)))))))))))).)))..))) (-27.8)