mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTTGTTTTGTTTTG TCATAAAAAAAAAAATATAATAG TATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCAACGGAGTGTGGAATGTCATAAAAAAAAAAATATAATAGATC CCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATAAAAATAATTATTTATTTTCAACAGGCGGGGGGGGAATAACATTTAAAATATTTCATTTAAAAGTGTAATAGATATATATGTATGTATACTTCCTCTGTCCTGTAAATACATTTAAATGCTTTAGATATTTAACTTGAAATTTCAGGGGGTTTAGTAGTTTTCAAACAATTAACATTTACTCTATGAGATAGAAGACACTTTTGTTTTAATTTATCATTTTGAATTTCCAACAGTTTTTGAAGGCAGAAGACGTTAATTGTTATAATCAACATTAATTATTATCTCATTTTGAAATGGCACCAAAAATATCGTGCATTATTATTGTTGAATGTGTGTTGTGTTGAATGGTGTTGAAAATAGAATAAAATCATTCTAAGAAATCCGTATGTACGAGTACTTAATAATATTAAATTAAATGTAGTATATGTTATTACATTACAAATTTGAATACAAATACGAATTGGTATCATAAATACATAATTTCAATTGTCTTTTGTCAACGGTGATTTTGTTGCTTTTGATATTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTCAACGGAGTGTGGAATGTCATAAAAAAAAAAATATAATAGATCAAAAATAAAAGCTTGGTAAAAGACTTGGCTTTTGGTTCAATTGCGGAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAGAGTGTGTTTGTGTTTGTGTTTGGTGAGAGAAAATGAATGGAAGACTGAACAATTGTTGCTTCCTTTTACATGTGTCTGGTGTTGCCAAAGTTAATGCCAGATTGGGTGGCACCCTTGTTGGAGCCATACTGCAGAGAGATGACATTCTGACCGG 4 2 5' arm Drosophila_willistoni mirnest 100 100 -13.8 ...((((((.((((((.((((((..(((((((........)))))))..))))))...)))))).)))))).. (-13.8)