mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTGTGTGTGTATGTTTAA ATTGTATTTTACATGTATT CTGCAGGAATTCGGCACGAGGTCTCTAACTTTATTGTATTTTACATGTATTTAGGATATGTGTGTGTGTATGTTTAAGTGCTGTTTCTTGATTCCTGTTTATGCAA GGTGGCGGGCCCTCTAGAACTAGTGGATCCCCCGGGCTGCAGGAATTCGGCACGAGGTCTCTAACTTTATTGTATTTTACATGTATTTAGGATATGTGTGTGTGTATGTTTAAGTGCTGTTTCTTGATTCCTGTTTATGCAATAATGCTTATCCACATTATTTCGTATTTTAATCTTTCCTTTTAAAAGGCTTGCTCACTTATGTTATAAATTCTAAAATATTGCTTATGTGTCGCTTTTTGTGCTTTTAGCGTATTTAGTGCGTTTTTCATGATGAAATTGCAATTTATTAGATGTATAATCTGGGTTTTTTCTCAACATTACTTTCAAAGTTATCTTACACCTAACGTCAGTACTCTCGCTGACTGATGGTGGAAGAAAGTGCTCAAATTCTTCCTTGATTCTCTTTGCTTTTCAATGTTGAATGGGAATAGAGATTAATCTTGTCTAACAATTTCACTTTTCCAAAAACTTTATTGAAGTGTATCTAGCCCGGTAAT 4 2 3' arm Brugia_malayi mirnest 100 100 -25.9 ..(((((((((((((((.((((.....))))((.(((((..((((((((((...))))))))))...)))))..)).))))))......)))))))))........ (-25.9)