mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGTATGTATATGTGTGTGT ACACACATACACATATACATACC ATCATTACTGGTTTTTCGAGTTCTTCCGATAATTCAATGTATATGTTTATCTATGTATGTATATGTGTGTGTGCACTACATGGTGACACACACACATACACATATACATACCAGTACACTCACAGATACCAGATACCGGACTAGCAACGACGATAACTTG CAGCAATTCAACAGTTGACAGCTGTTTGGATTATACCTGTCCCCTGATCCTATTCCTACCTTGAACCCCTCCCTCAACATTTCTCTCAAAACTTCTCCTCCTCCTCTTCTTCCTCTACCTTTCAATATCGCTCACGACCGTCCCCTTTTCTCGTGTCGTTGAAAAGTTCGCCCTCCTTTTCATTCCATTCCATTCCAATCGGCCACCCCAAAATCATCCTACCATCATCACAAATACCGATCATTACTGGTTTTTCGAGTTCTTCCGATAATTCAATGTATATGTTTATCTATGTATGTATATGTGTGTGTGCACTACATGGTGACACACACACATACACATATACATACCAGTACACTCACAGATACCAGATACCGGACTAGCAACGACGATAACTTGCCCTGCCCTCCACCAGCACCATCAACAGGCACCTAGCAGGAGCGGACACGATCCAGTCCTCGCCGTACGGCACCAAAACTAAACCAACGACGACGACGAAAACGGGCCAACGAGGAGGAACAAGGACCGGATAGTGGGTAAGCCTGTTTCTCCTATTACTACTACTACCACTACTGCTACTGCTACTGCTACTGCTACCATCATCACCATGAACACCAAGCACAGCAACACCTGGTGATACAACCATTAGTAATATATATG 1 2 5' arm Brugia_malayi mirnest 100 100 -41.3 .........((((..(((.(((((((((.((..((...((((..((.(((.(((((((((.((((((((((((((((....)))).)))))))))))).)))..))))))...))).))......))))..)))).))))..)).)))..))).)))).. (-41.3)