mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AACTGATTTTGATTGGTATGA ATATATTTCTTGGGTCGTTTTT CAAATCAATCTTATATATTTCTTGGGTCGTTTTTGCCATTACATGTTTAGAATGATGCTGCTGCTTTGCTTTTTTCTCTTTTGGAAGAACTGATTTTGATTGGTATGATGATTGGTT CCCACGCGTCCGATCTACAACAGTGATACTGGGGAACCGTTGGCTTGTTTCAATTTCATCTACTCGATCAATGGTTCACGCTGGTGAAACAACAACAACAACAACAATCATTGTTGTTTTGGAAAATTTTGATGATGCTTTTCTGCTTTGCAAAAATCTTCCCGATGCTGATTATTAACGACACTTCTTTCTTTTTCAAATCAATCTTATATATTTCTTGGGTCGTTTTTGCCATTACATGTTTAGAATGATGCTGCTGCTTTGCTTTTTTCTCTTTTGGAAGAACTGATTTTGATTGGTATGATGATTGGTTCATAAACAATGAATGAATGAATGAATAAATGAAGGGCTTTGCTTCA 5 1 3' arm Trichinella_spiralis mirnest 100 100 -21.4 ..((((((((((((((...((..((((((.((((.(((..........((((.((.((.........)).)).))))....))).)))).)))))).))...)))))).)))))))) (-21.4)