mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCCGTCCCAAAATAAGTGT ACTTATTTTGGGACGGAGGGA CTTTGTTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTATTAGCTCTAGTATAAAATTGTATTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTATT ACAAAATAAAACGATGAAATGTCCCATGAGATGAAAGAACGAGACTTCCAAGTTCCAACATTTCTTTGTTACTCCCTCCGTCCCAAAATAAGTGTCTCAACTTTGTATTAGCTCTAGTATAAAATTGTATTAAGCTTGAGACACTTATTTTGGGACGGAGGGAGTACTATTTATCCTCGAGATACATATCCAATTTCACCAGCACCTCNAGATCCAACTTATTATTGGNACAATATACTAGNAGAAGGACATGTCNATGCATAGCTCACTANAGAAAACAGTGCTCACAGCGGCCAGTGTACACATGAATACATGATACATAGACCATACNCAATCATGGAATCAGCAGTATCTTGCCAATGTGGGAGCTCGTCTCCATCAGCTTGTGAGATTCAGCTGCTTCGGACAGAGGGAATGTCTTGTAAATCACCGGCTTCACCTTGCCCGACACGACGGCAGGCCACACGTTCTTCTCCACCTCACTGANGAANCTGGGGCTTTGTTANCGAGGGGTTCTGGTTCCGCAGTCCAAGCAACCTTGGNATGGTCAAGCTTTCGGGGCAAAGCAT 0 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-34 far-MIR1122 0.00000002 -56 ...((.((((((((((((((((((((((((((((((..........((((.(((((((....))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).. (-56)