mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CAAAAATGTCAATTATTTTTA AAAATATTTAACTTTTGGCA TTTGGAATTTTCAAAATATTTAACTTTTGGCAGAAAAAACAGCAAAAATGTCAATTATTTTTAAATCCAAAT CATTTTCAATAACAGTTCCAGTATTAATAGAAAGGGCAGATAATTTTTGTAGTTTAAATATTTTAATAAAAAATGAAGAAAATAAAGAAGAAAATAAAATGAAAACAAAAGATTTATTAGAAGAACAACGTTTAATCGAAAAATTTAAATTACTTTGGAATTTTCAAAATATTTAACTTTTGGCAGAAAAAACAGCAAAAATGTCAATTATTTTTAAATCCAAATAATTGTAATAATTTAATAAAAGGACCTTTTAATTCTGAGCAATGGAAAAAAGTTGAGACATTAATTATTGAAGAAATATGTCAAGCATGTTTGCCTTTAAAAAATAATTTAACGGAAGAAAATAATAATGATACAAATGACAAATGTAACGAAAATGAAGATGGAGAATTTAAACAAAGAATTGAAATTGAGGCAGAAGTAAATAGTTATGTAGATGCATCATTAAATGAATTACATAAAAAAAGAAGGAGAATTAGATAATCAACAACAACAACAATCATTAAGTGAATTATTATTATGGTGGAGAACAAATATA 5 1 3' arm Meloidogyne_hapla mirnest 100 100 -13.4 ((((((..(((.((((((.((.((.(((.((..........))..))).)).)).)))))).))))))))). (-13.4)