mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGATATAAAGAAAAATCAAA CTGACTTTATTTATTTCCACA AGCTAAACCTTTTGGAGAAAACATGAATGTGTTCTGACTTTATTTATTTCCACATAATGAGGCTCAAACAAGAAAAGATTTAACTGGATATAAAGAAAAATCAAACAAACGTTAGTTTCACTGGATGTCTCTCAA ATGATAGAAGTCAGATCTGGTGTTTCAGTTCTTTTATAGGTTTATATATCAGATAGAATCACATCAACGATGGACAGCTTGTGCGTTAGAATACAAAAAACAACACTAGAAAGAAAAGAAATGCAGGGATGCACCGATCAGTCGATTCTGCTCAAACTGCGTTAACATGATGATGACATAATTACATAATTACATAATAACATAATAACACGTTAACGCACATCTGTTTCACTCAATCTTCCGGATGTAGTAGCGGGCTCAGTTTTAAAGCTAGAGTGAAGATACTGGGATCATATGAAACTAGAAAACCTGATGAATCCATCAGTAGAACATTTTGAACAAATATTAATTTGCGATTAATCGGAATGAACTACTTTAATCGACCGACAGCTCTAAGAGGCATCAAGTATTAAATCAAATATTGACGCCTATCAGGGCTGTGAATCGATTCAAATAGTTAAATACTTGATGCCTTCTTTATAACTACATCCAGTTAATAACATTCCTATAAACGAGTTCAAGTAATTAATCGATTAGACATTTTGAGTAAAGCTAAACCTTTTGGAGAAAACATGAATGTGTTCTGACTTTATTTATTTCCACATAATGAGGCTCAAACAAGAAAAGATTTAACTGGATATAAAGAAAAATCAAACAAACGTTAGTTTCACTGGATGTCTCTCAAATTAAATAAATCTTTGGTCTAATAAGGTCAGTGTATCTTTCGGTCATTGGACAAAACGAGACAGCAGAGGACGTCCCGTTGGACTCTTCTCTGATGTCCTATCGACCGACCGGTTCACTGTGTATTAAAGGAAATCACTGGCAGATTAATCGGTGGA 3 2 3' arm Sebastes_caurinus mirnest 100 100 -16.7 ..(((((...))))).((((...(((...((((.(((.(((.(((((.((((..(((......((......))......)))..)))).)))))..))).)))))))....))).))))...(((....)))... (-16.7)