mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGATGAATGTTTTAGAGAA TTTTAAAATTTATCACGGC GTAGACGATGTTGTGATGAATGTTTTAGAGAATGTTTCTTGATCATTTCAGGAATTTTTAAAATTTATCACGGCTGTTTGAT GGGGGTAACCACGTTGTTTCCTGTGAAGATGGAATTTTATTTCGAAAAAAAGTATGCATGTAACAAGCGACACATGTTGCTGGACGCACAAAAAATGAGGAATATATTTTCGTAAGATATCATACGAACCGTTGTATGATAATACGTTGATTGATATGTTGGTAGCATGACCCGAAAGCCAGATTGGAGCACTGAAATGCAACACGCCCAAAATCACAGAGGAAAATAAAAACGTACCGACATCATTATCATAAAACATTCAACTCATCGGGTGTTTTTCATCGCCACGTTTGATCACAAGTGATCCAGACTAACTCTGTGTCGGAGCCCTGCTTCAGAGAGACTCCATGTTTTATAGACCCACAGTATGTAGACGATGTTGTGATGAATGTTTTAGAGAATGTTTCTTGATCATTTCAGGAATTTTTAAAATTTATCACGGCTGTTTGATCAGTTATTCGAGGCATTTATGTAAACCAGCGACCACACAGATATCAGAGACTGGAGAGGCAATCTGACAGGTTAATAAAGGTTCATTAAGTCTAGTTTTTAATATTAAACTCTAACAGCTTGTACATTTTGAATTCTATCAAATATGGAGGCCGACAAACAATTAAATTTCCCGTCCTGAATAATCCTTGAAAAACTCCTCGAATCATTATTTGAGGTTCTTGACTGTAAAGAGACAAAACCTTCAAAGTAAAACTAAATACATCATAACACACACACACACACATGCACTGTTTGATGATTCATAATCAATATCCTGTAAATATCAATAATCAGACAGCTGAACACGTCTGTGTTGTTTTGATGTTTACCTCAAAATATCCACGTATTAACAAGGTATTTAATGTTGGGTTTTATTTTGATTTCTTTTTAATAAAT 1 2 5' arm Sebastes_caurinus mirnest 100 100 -23.9 .(((((...((((((((((..((((((((((....(((((((.....))))))))))))))))))))))))))).))))).. (-23.9)