mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCTGTCTGGTTAAAAGCTGC GGTTTACATTAGAAGTTGA CACAGCAGCATCGGTTTACATTAGAAGTTGATTCTTATTTTGCTGTCTGGTTAAAAGCTGCGTTGCCTCA GGGGCAGGATTGTATCTTCAGGCTGTTTATAAAGAGTTAAGGGAATTAGCCTTTTTGTGCCTTAAATTATGTGTGTTTGTTCAGCTGGATCACCTCTGCTGGTGGAAATGTAAAAAACAGAAGCAATACAGCTGCTCTATTTGCCACATCTACAATATTTAGTATAGCAAAGTGTCTTAATTACAACATCGATGCATTAGACGGACATGGAACCAAACTAGAAATAGCCGCAACCTCTTGCCACGACATCAGGGGAGAAACGCGGGTGTTTGATTTGCCAAAGCCACATGTGCCTTCACAGTATGTATATTTTTACATCTGGAACCACTGAACGGTACTTTTTTTCATTTGATTGTTAAATGTGAGCGTGCATTTAATGTTTATGAATGAGATGTTTTGAAGGACATCGCGTGGTGTCACAGCAGCATCGGTTTACATTAGAAGTTGATTCTTATTTTGCTGTCTGGTTAAAAGCTGCGTTGCCTCACTGTGAAGGACCTGTGTATGTATCTGTTTGATTTAATCAAGTGGTTTTGAAGGACTGTATTATTTTAAGTTATGTTTCAGTATTATGTTTTCTTTTTTGCTTCACTCAGCACGGCTTTTGAATGATCTTTTGTGTGATGTATTATTATTATCATGTGTTGGTCAGACAAACATTTTTTTGANAGACAATCATATGGAAGTAAACCTCCTATTTACATCAATAAATAAAAATGCTTTACGATGCTTTATGTGCTCTACCTGCAGTGAAATGTGCTTTTATTGAACTATAAGGACGATCGTTTGATCACAG 4 2 3' arm Sebastes_caurinus mirnest 100 100 -12.6 ....(((((..((((((..(((((((((.(((....)))..))).))))))...)))))).))))).... (-12.6)