mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTTGTTTTTGTTTGTTTTT AAGGTAGCGCAGGACAAAATAA CATGGGAATATAAAGGTAGCGCAGGACAAAATAATGTAGCGATTTGTTTTGTTTTTGTTTGTTTTTTTATTCTTT GGGGGTAGAAAAAAGAGATGCTGGATATGTTCATAATGTTTAATTGGTAACATGCTTGTCCGCCGTCATCTGACACAAAGAATTCAACAAATTAATTAGTAATAAGCTGCACTGTACTTTCATTCCTCTCTGCATGTTGATGTCAAGGTTTCAAAAACACTGTTGGTTTCGTTCAGGTTCTTTTTCTGATGTCAGTGTTTTATGTTAGAGAGATTTTTTAAACATAATTGTAACGGTTGTCAGTGCCCTGGAAGAAGTGATCTTTTTCCCCCCACACAAGGTCATAATATCAGTATGGTTGGCTTCATAAGATTAATGTGCTAAAAGAAAACGTTCTGTTACCCAAAATTATTTTGTCAGGATATAAACTATTGTTAAATGTCACAGATTACAATCTACTGCAGGTCTTATGTATTAATGAACCTAGTCGGGCAGGTGTATACACACACACACTCCAGTAGTTTTGTGGCATATGCATATCTCAGAATGGATTCAGAAGGAAAACCTTTTTTTGTTTTGGATGTTGTTGTTTTTTTTGTATATTTTATAGTGTCTCTGTATTTTTGTTATGAGATCATTTTTATTGTATTTAGTTCACAAACATTTGAATATTTTTCAATAATTTATATTTTATAAAAGACAAGAGACGCAGACAGCTGGTGCTTTCATGGGAATATAAAGGTAGCGCAGGACAAAATAATGTAGCGATTTGTTTTGTTTTTGTTTGTTTTTTTATTCTTTTTTTTATATAGAAAATAGACCTGTCTGCTAGAGAAAAAAGGCTGATGCTGGCCCATCAATGATTTCTGCTGGAAAGGTTTTATAAACTGTAGCTTCTATTTCTAATATGTACTTAATGTACTTCAAAATGTTATAAAATATATGTGAGC 3 1 3' arm Sebastes_caurinus mirnest 100 100 -15.8 ...(((((((.((((..((((.((((((((((((.........))))))))))))))))..))))..))))))). (-15.8)