mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGAAGTTGAAGTTGGTGTTG ATGCCAGCATCAAAAATTCAGTT ACTGATTTGCGTTATTGCAAAAATGCCAGCATCAAAAATTCAGTTGCACCAACACTCGACTATTGGTGGGCGATGGGCGTGGCTGGAGGTGGAGTTGAAGTTGAAGTTGGTGTTGGTGGTGAAGTTGGCGTTGG TTTATAATATATATTTATCCAATATTTCGTCCAAAAATTCTTTACAAATTTCTTAGAACTTACAGTTAAATGTATAGTAGAAATTATTCAAAAAATTCTTAATTTCATCATTTCATGGATGATTTTTGTTTTATATCATGATCATCAATATGACAATGGTATGTATGCATGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTATATGTGTGTGTGATTTCTTATAAATGCGTGTTGATGGATTATTATACGAATTTACGTGTGAACGAGACTGATTTGCGTTATTGCAAAAATGCCAGCATCAAAAATTCAGTTGCACCAACACTCGACTATTGGTGGGCGATGGGCGTGGCTGGAGGTGGAGTTGAAGTTGAAGTTGGTGTTGGTGGTGAAGTTGGCGTTGGTGGCGATCGATGTGTGGTGTGTTAGGTGTGTTTCATATATTCTGTATTTTCGTGCTCTTGAATATATGCTGATGTAATCTTGTAATCTTGGATTAGGGATATGAAATTCGTACAAAAATGATTAAAATATGTAAATGTTAAAAATGTATTTTGCTTTTTTTTGCTCTCTTGTTAATCATTTAATTGTTGGTTTTACGTTGCGTTGTTTTCTTATTTGCTTTTATCATTTTTTTTTTCTTGTTTTTTTTCTTTTTTTATTTTTTGTTGGGTTTTTTTTTTAATAATATGTAATATATATAATAATTTATTAGTATTATTCGCATGTCACGGGGCAGGTCCTGTGTT 3 2 3' arm Drosophila_virilis mirnest 100 100 -39.7 .....(((((......)))))(((((((((.(((.....(((...((((((((((((.(((.(((((..(((.....))).))))).))).))))..........)))))))))))...))).))))))))).. (-39.7)