mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGTGTTGTTTTTCGTTTGT AAATGAAGGGCGGGTTACTTAAT AGGTATATGTTTTTGTTTTGTTTTGTGTTGTTTTTCGTTTGTTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGTTGTATAAATGAAGGGCGGGTTACTTAATTACACACTCTGTCCTCAA TTTTTTTTTTTCTCAGAATTAATATAATATTTATTTAAATATAATATAATGCTTTTGTTTCTCGAATGCAAAAAATTTCAAATGTAGTAGTTGTTGCTGCTGTAGCTTTTGAAGGAGCCTGGGCAAAGAAGATTCGGATTCGCATTCGATGACGATGACGGCGACGGCGGCTGCATCTCAATTCTCTAGCCCAACCAACAGCAGCCACAGCCACGCCCACGCCCACGATAGCCCCTTCAGTTTCGTGTCGCGCTTTTTGCTGTTGTAATTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGTTGTGTGTTTTTTATGCTACTTGCTGCTGTTGTTGTTGTTGCTCTTAATGTTCTTCTTGTTCTTGTTGTTGTTGCTGTTGTTGTTGCTGCTGCTGCCCCTTTTTAGTAGTTGGTTGTCGCTTATCGTTGTTGCTGTTGATTCTTGTTGCCAGATGCTGTTCTTGTTGTTGCTGTTGTTTTTTTTTACTTGTTGTTTACTACCCGGTTGCGTGTTGTTTTTATTGTTGTATGCATATATATTATATGTATTATATTTACTTTAGAGGTATATGTTTTTGTTTTGTTTTGTGTTGTTTTTCGTTTGTTTGTTGTTTTTTTTTTTTGGTTGTATAAATGAAGGGCGGGTTACTTAATTACACACTCTGTCCTCAAACCCGAATTCTGTTGGGTGCATCCTGTGGGATCCTGCTGAATCGACTTCAAGTGGGTG 3 2 5' arm Drosophila_virilis mirnest 100 100 -15.4 (((.....((...(((...(((..(((.((((((((((((((.(....................).))))))))))))))...)))..))).))).)).....)))... (-15.4)