mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TACGCGCGCACACACACACAC GTGTATGTGTGCGTGTGTGTG CACATATACGCGCGCACACACACACACAGACACACACTGGCAGCACATGAGAGTACACTAGTGACCGAGCGTGTGAGTGTGTATGTGTGCGTGTGTGTGCTG CACATATACGCGCGCACACACACACACAGACACACACTGGCAGCACATGAGAGTACACTAGTGACCGAGCGTGTGAGTGTGTATGTGTGCGTGTGTGTGCTGTGTGCTGGCGCTTCTCTAACAACAATCCTGTAAAGGGAGCGTAGTCTTAAAATGTACCGATTCTCTCTGACTTTACTAACAAAAAGCAACAAACACAAGAAAAAAAAATCCATTATCATTTAAAATTTACTTAAACAAAACAAAACTTAACTTTAAAGAAAAAAGTATATATATATATAAAAACAAAAAAGAAACAATTAAGATGCGTTTTTTAAGCAGAAAACAAACAAGCAAAAAAAAAAAAAAGAACACGAGTTGTAAACAAGAAAAGCATCAAATTTAATAATTATATGTAATAAAAACTCAAAATGAACGATACAAACAACAACTTGTCTTGTAAAAGTAAACGAAAACAAATTTAAAATTACGCATTTGTCATTTTTAAGATAATTTCTTTTTTAATTTTATGTATGATCCTATATTATATATGAATATTTATATTAAAAGCAAAAAAAGCTCTATGTTTAAAACTCGAAAGCAAATCCTAGAACAACAGCAACAACAACACGTAAAAAACACGAAAGCTGCCCACTTCCAGCCCCCTCCCCCTTGAGTAATAATTGAGAAACCGTATAAAGAAATGCGATTATATATATAAACATAACTTGTATATCAAATTTTTTT 1 0 5' arm Drosophila_virilis mirnest 100 100 -42 ....((((((((((((((((.((((((...(((((.((((...(((...((......)).))).)).)).))))).)))))).))))))))))))))))... (-42)