mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CCTCAGTCCCAAAATAAGTGT ACTTATTTTGGNACANANGGA TATCAATTTTGTTTCATAATCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTCTAGTACAATTTTGTACTAAAGTTAGTACAAACTTGAAACACTTATTTTGGNACANANGGAGTATGAANTACTCTGACT CCTGGATATCCCNAGCATCCACATGCTGACTGCTCCCAAAGAANTACAAACATCCAACACATATATGATTTATCAATTTTGTTTCATAATCCCTCAGTCCCAAAATAAGTGTCTTAACTCTAGTACAATTTTGTACTAAAGTTAGTACAAACTTGAAACACTTATTTTGGNACANANGGAGTATGAANTACTCTGACTCCAAGTTTTAGGGCAAAATATCCAAAANATGAACCANTGATCCAAGTTTTATGACACTAGCCAACCAANAGCTANCACAGCCAGATAATCCTTCTCGCTACAGACCACCAAATGTCGAGCTCCAAAAGCCAA 5 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-18 tae-MIR1137 0.000006 -35.7 .........((.((((((.(((....((.(((((((((((((.((((((.(((((((....))))))).))))))..((....))..))))))))))))).))....))).)))))).))........ (-35.7)