mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGCCAGCTTTGATGA ATCAAGTGGTTGTGATATG CGATGTTGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAACTAGGAATATCAACCGGC GTTTCGGTCCGGATTCCCGGGATCTTCCCGCCACATAATAATCACACGCCCATCATAAAACACACTCTGTCCGCCTTAAATATACACATAAATTTATAGTGAATTGCAATTGCAAAGAAACCGCGGCGAACTAAGATCTGAATTCGGAACGACGGAGGACAAAAGCATGCCACAGCACCGAAAAATGGCTCAACTGGGCTTACATCTCTGACTTAGAACGCTGTCGAACTGACTACACACATCCGGTGCAATATTGTTACTAACACATTCATGAAGTTGAAGATACTGTTCTTCATCCGTACGATGTTGATTATCTAAGCCTCATCAAGTGGTTGTGATATGGATACCCAACGCATATCACAGCCAGCTTTGATGAACTAGGAATATCAACCGGCAGACCACGTAAATGGGATTTAAAACCACAAATGGATTTGGCTGTGAAGGAAGGATTCTAAAAATCCAAGTAAAATTTCCCTGACCGTAAACATAATTTTTCCCCCCCAAATTTTAAAAAAAACCTCTTTAAAAAACCCCACCCAAGTTAGAATTTTAGCCCCTTTGTTTTCCCCCTCTGGTGAAAAACCCCCCTTTAAAAATAAAAACCCCCCCAGGGTCCTTGAAAAAACTGGCCCCAAAAAATTTTTTTTTTTTTCAAAAAAACACACTCCCCCCAAAAAAACTTATTTCTCCCCCCCCCTCGCCCTGTGAAAAACCCCTCCCAATATTTTAGCCCCCCCGCGGAAAAAAAAT 0 2 3' arm Drosophila_erecta mirnest mir-2 4e-25 dan-mir-2a-2 2e-32 -32.5 ....((((((..(((.((..(((((((((((((((((((((...........)))))))))))))..)))))))).)).)))..)))))).... (-32.5)