mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGAGTTGGTTGTGTTGCTA GTGACAGTAATCGGCTTCAGTG TTAGATGGGTGTCAGTGCTACGGTGACAGTAATCGGCTTCAGTGACGAGCTAGAGAGTTGGTTGTGTTGCTATGATGGCAAAAGAAAAGGC AAGTGAGGGAAATAAAACAGTCGAAGAAGGTCCAGCTCCTATGATGCAAAATAAAGCCTTAAAGTAGATTACGAAAAAACAATAAGCAATCTTCATCTTTAAAATCGTGACATGTAGTGATCATGAACTGTACCTGAAAAGAAAGAATTAAACTGTAGAATGCATTTTTTGGGCATTTACAAGAATCAGGTAAGTAGACAAAGACTCATTGTTGTCAATGTTCACTAGTATCATTCACATATAAGCCTTACAAACGGGACCTATTTTGAGACTTTAGATGGGTGTCAGTGCTACGGTGACAGTAATCGGCTTCAGTGACGAGCTAGAGAGTTGGTTGTGTTGCTATGATGGCAAAAGAAAAGGCTTGTACAGGTTCATACATTCATTATATTGAGATTTACTTACAAGGTTCTATCTGTTATCTTAATAAATACAAATATGTGTTTTACATTTTTCTTTGTGTCTTAATAACCAAGCTTAAGGATTTTCCTAAGCTCTGTTCACTTTTTCCCTAATGATGATTCTCGTAACTGTGTTTTTCTCAAGGTAGAACTGATGTAAAACATGATTAAAGAAAACATCCAATGTAAGATACTTCACTGGTGAACAAAAGAAGATTAAATAGGTTCATAAGGATGCAGTCTATCTTCTGATCTACTGTAGGGTGTCCACAAAAGCATCAAACTCGTCNATGTTCTTCTCATAAATGGCCAGTTTCCC 4 1 3' arm Misgurnus_anguillicaudatus mirnest 100 100 -21.2 ...(((....)))..(((((.(((((((.((((((((((.(((.....)))...)))))))))))))))))....)))))........... (-21.2)