mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTGTTTTTTGTTTAA AAAAGAAAATCATTAAAGAGT TATATTAAATGTTTTTGTTGTTTTTTGTTTAAGGTTTGATGGAATCATAATGTGGATTCGGGAATGGTAGAAATACACCTCAGATTTTTTTGTAACCTTGTAAAATAATAAATTAGGGATTCATGATGAGTAACATTCCAGTGTAAACTTATTAAAAGAAAATCATTAAAGAGTTTAAAAAG GTTTTAAAACGAGTTTTTAAAGCAAGCTTTTCCTGCTGTAATGGATTTGTATCATGTTTTATAATAAATGCTACAGGTTTGGACTTTGATTCTATTCAAACAAATTAAAATGGCAAGCCCCTGCCCCATCCTAGGTGTGTTGTGTATAGGATCCCTTAGTGGAGGTCAGGATGTCTTTTTCAGGAGGGACCCCAGGTTTCCAGTCAGTTGTCAAGCCATCAACCCAATCTCAACCCCACTGAAGTGAACTGGCCCAACTTCTTTGTTTGTTCCCAATAATATTTTCAATGTCTCGCATAGTTTGTTGGGGGAAGGATATATTAAATGTTTTTGTTGTTTTTTGTTTAAGGTTTGATGGAATCATAATGTGGATTCGGGAATGGTAGAAATACACCTCAGATTTTTTTGTAACCTTGTAAAATAATAAATTAGGGATTCATGATGAGTAACATTCCAGTGTAAACTTATTAAAAGAAAATCATTAAAGAGTTTAAAAAGAAAAAAAAAA 4 0 5' arm Misgurnus_anguillicaudatus mirnest 100 100 -32.7 ....((((((..(((((.((.(((((.(((((((((((.(((((......(((..(((((.((((.(((....)))..(((.(((((..((((...........)))).))))).)))))))....))))).))))))))...))))))..))))).))))).)).))))).)))))).... (-32.7)