mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACACACGCACACACACACGT GTGTGTGTGTGTGTGCACGTGTG ACTGGGCGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGCACGTGTGCGATCTCTATGACTGCTGGTTAAAGGGCTAATGATGGTCAGTGAGAGGAGTCTCACACACACGCACACACACACGTGTGTATCTGT GGATTCACAAGCTGGAGGCCGATCTACAAGACAAACAGCAGGAGCTAGAAAACCTTCGCAAACAAGCAGAAATTATTCCACAGCTCATGGCCGAGTGTGAGAGCATTACAGCTAAACTACAGACGGCCGAAGTGACCAACAGAGACATGAATGAGAACCTGAAGCTTCTTCAGGCGGAAATCGACACCAACCAGCAAAGAGAGAGAAGCATGAAGATGGAACTGAAGAAGTTTATGGATGTTCTGGATGGAAAGATTGATGAGTTACATGAAGTTCGTCAGGGGATGTCTAAACTGGGCATCGATAACTGAAGACTCGAAAACTCTGTTTATCTCACTGGGCGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGCACGTGTGCGATCTCTATGACTGCTGGTTAAAGGGCTAATGATGGTCAGTGAGAGGAGTCTCACACACACGCACACACACACGTGTGTATCTGTGTATTCTGGTACTGTTGGACTGATGTGAGATCTCAGGACTTCGTGCATGTGGTATTGTTTGATATGCAACATACATGCATGAACTGCAAAATCACAAAGTGCCTGGAGGTGGCGCACTAGAGTGTCCACCACCCATAAAAAATCTCTGATGGGGTTTGGGTGAAATGTCCTGTTTAACATGAGGCTGAACTGTTT 3 2 3' arm Misgurnus_anguillicaudatus mirnest 100 100 -48.5 .....(((((.(((((((((((((((((.......((..((((..((((((.(((((....)))))....))))))..))))...))..))))))))))))))))).))))).......... (-48.5)