mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACACACGCACACACACACGA GGTGGGTGCGTGTGTGTC ACACACGCACACACACGCAGGCACGCACGCACACACACGCACACACACACGACTGCATGTAATACTCAGACAGGACTTAGGGTAGGTGGGTGCGTGTGTGTCAGTCAGCTGAGTTTGCTGCTGCGCGTGT GCACTCGACAACATTCACACTACAAAGTAAAAATAAACAGCAGCAGATAAACAATGTTTGTCTTTTCTGATTCTCAAAAGTGAAAATGAATTTGTCAAACTCAAACAACTGCAACTCTTCAGTATGTGATATTTTAATGAAGTGAACAGTGAGAACTTACAGCGCCCCCTACAAACACACACGCATGCACGCGCACACACACGCATGCACGCGCACACACACGCACACACACGCAGGCACGCACGCACACACACGCACACACACACGACTGCATGTAATACTCAGACAGGACTTAGGGTAGGTGGGTGCGTGTGTGTCAGTCAGCTGAGTTTGCTGCTGCGCGTGTGAATCCCATCATGCAGTTGGTCTTCAATCATCTTAATGTCATCCAAATCATCTTTGATGACGTTGATCAGGTGACTCAGACCCTCCTGCTGCTGCTTCAGGTGCTGTTTGATTTCTCGTAGCAGGTCTGCGTCCACACGATACCGCTCCTCCGAACGAACGGATCCAAAATGATTCTGCATTCGAATCTGAGACATCAGTTCATTCAGCCGCCCCTTAAACTGTGTGGGTGCGTTGAGCTCTGACTGGATGGTTTCCAACTGAACTCTCAAATGTTCTTCATCCAGTTGAATGGCATAACCACTTTTCCTCTGAACTTCCTGTTTGATTAACACCTGCAGGACTCTGTGTGACAGATCCATCAGCTTGCGTTTGTATTGAGTGATTTTGGCTGCAGTTG 4 2 5' arm Misgurnus_anguillicaudatus mirnest 100 100 -43.8 ............((((((.((((.(((.((.(((((((((((...(((...(((....((....((.....)).))....)))..))).)))))))))))((((....)))))).)))))))..)))))) (-43.8)