mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGATAGATAGAAAGATAGAA CTATTGACCTTTCATCTCTA TAGATCCGTGTTCTATTGACCTTTCATCTCTATTGATCTCTCGCCTCTGCCTGGTTCATGTGTGTTTGACATGTTTCTGCTACTATAATTGACTGTATAAATATACATAAAAAAAAATATATATATATATAAATTGAGATTGATATTACCAAGATAGATAGAAAGATAGAACAAGAGAAA GCCACTGATCTGAAAATGATCACAGGGGAAATTCTGTGCAATTAGCCAAGAGCTTTCAGATCAGCGGCTGTTCGTCTTGAGGAGGCGACAGTCGACAACCTGATAGTAGCCACATTGATATCCCTAGCCGTCAGCTGTAGATAGTCACGGCTCGCAGGTTGTCGAGTGGAGAAAGCATGTAAGAGTAGTGGGCCGTAGCTCCTGTTGCATACTGCGTAGTAATGTAGTGAATTGTAGCTGTGTAGATCCGTGTTCTATTGACCTTTCATCTCTATTGATCTCTCGCCTCTGCCTGGTTCATGTGTGTTTGACATGTTTCTGCTACTATAATTGACTGTATAAATATACATAAAAAAAAATATATATATATATAAATTGAGATTGATATTACCAAGATAGATAGAAAGATAGAACAAGAGAAAGCAGATAATAAAACACAAGCAGCTACTGTGGTCACATTGGGGAAGTGGATGATTCAAAATTCTTTACATCTGCAACCTTTCACACGCATTAAGTGGTTGTCATACATGCAACAAAAAAAGATGTGTTTTTTTAAAGTTTTCAAATCCAGTATCTTCCCTTGTGTGCTTCATGTATTGCTTTTGTCTTGACAACATATTCATAGAAATATTAGATTTAGCTTCATACCTTAAACACTGTATGCATTGTAATGTGCCATGAATGCTTTGAATGAATGCCAGAAAATATCTATCTATCCACATCCCACACAGCTATAGAAGATAATATCAGACAACAGCAATCTGTAGCTTATCTCTCAACTCGTCCAAAACCTCACAGGGCAACATGTGTCAGAGTAAACACCTCACAAAACTATCCTCAGCTTCTGACCTTAAACATAATGCAGTGAGAAAACCCCAGATGTATGTAATTCATAAAAGCTACTGTAAAGTCTGTGAGTTGGGTAGCTGGTCTTCACCACATACCTCCGCTTTTGTATTTATCTTAACCCTTCCCGCCATGTTTGCTCATCATAATCATTGATATTAATGATAG 5 1 3' arm Perca_flavescens mirnest 100 100 -28.3 ....((..(((((((((...((.((((((.(((((((((((((.....((..((..(((((.......)))))..)).)).........))).((((((.(((((.((........)).))))).))))))....))))))))))......)))).)).))...))))))))).)).... (-28.3)