mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGCTGGTGCTGTGGATCATGC ATTATAGATGGCATCACCTGT CGCGTCTATTGTGTAACTGCTTTGCTTGAGTTTCTGGTCAGCATTATAGATGGCATCACCTGTCGCATTAAATCGGAGGAGACGCTGCTGCCTGGTGCCATGGTGCAGCTGGTGCTGTGGATCATGCAGATCTTTGCCAGGACACTGCAGCAATACGAGATGCGTG TACGGTCGGCTAAAAGTATAAACAGTTCTTCGTGCTTGTTTATTTGTATAAATTGTTTATAGGACTTGTGTCCTGCAAATAATGCAATAGGTGCCTGACATTAGGCAGCAATTGAACGTTATGAAGGAGAACAACAAGATCCTTCAGCTGATTAATGTGGCGTGGCGTGAACGCTGGTCCGACTCACAATGGGGCATTAACATAAAGAAGGTCTTACCACGAGGTGTTAGCGGCGATGTTTACAATTTGGCCGACTGTCTCTTGCAGCAGGCTGTGATCGGCTCCACAGCGAATCCACTGGTGTTGAACTATCTGAAGCACTCGCTGTGCGCCCATCTTGTCTCGCATGCGGCTGTTCTTCGCTGCATCGCCAAATATGATAAACTGGGACGCGTCTATTGTGTAACTGCTTTGCTTGAGTTTCTGGTCAGCATTATAGATGGCATCACCTGTCGCATTAAATCGGAGGAGACGCTGCTGCCTGGTGCCATGGTGCAGCTGGTGCTGTGGATCATGCAGATCTTTGCCAGGACACTGCAGCAATACGAGATGCGTGGCGAGCTGAGCGCCGAACAATCTTATATGTTGGATCAGAGCTGCCTGCTCGTCGAGCACCTGACGAAGCAACAGTTCGCTTTGGCCATGTTGAATGTGGGCTGTCACGAGGAAGTGGATTCGCTGGACAAGATGCGTGAACTGTATGGCAGCATCAGGGATCGCTGACCACTCCAATTTACGTAAGCTCAGCACGGCGGACAGCAGTGAA 4 0 3' arm Drosophila_grimshawi mirnest 100 100 -49.9 (((((((...((((..((((..((((((.((....((((.((((.((..(((((((((.(((.(((.....(((((.((........))..)))))......)))))).)))))))))..)).)))).))))...)))))).))..))))..)))).))))))).. (-49.9)