mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATATGTGTGTATGTATGCT TATATATATATATATATATAT TTAATTAAAATATTTTAAACTGGATTTTGAAAATAGGAAATGTAGAGGCATTTGCATATGCATATTTGTGGGTATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTATGTATGCTTGTATGTAATGCATATGCTTCAACATTTCGCTTTTTGATGCATACTTGTTTATTTATTTATTAAAAAAA AATTAATTACGTTAAAACAAATAAAATCATAAACAATAAATTCCAATTCCAAGAAAAAAAGAAATTAAATAAAATTATATTTAAATAAAATATAGAATGTTAAGTAAAAAGAAATAAAATAAAATTAAAAAATTAATCAATTCAATTTTAATTAATTACTACTTGTTGTCATTTATATATATGTAGTGTTGTATGTATTTGAAACAAAAGTTCAGTTGGTCACGTTCATAGTTTGCTCATTTGTACTTTTAATTAAAATATTTTAAACTGGATTTTGAAAATAGGAAATGTAGAGGCATTTGCATATGCATATTTGTGGGTATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTATGTATGCTTGTATGTAATGCATATGCTTCAACATTTCGCTTTTTGATGCATACTTGTTTATTTATTTATTAAAAAAAAATTATGGACTTATTCAAACATACACACGTGAATATACATATATCAACCAAATCATACATATGTACATTCATACGTACAAAATAGTATTTTATAGCTTGCTTATCACAATTAAGTGGAGTAAAAAAGTTGTCCATTTGAAAAACTCGTTTGTCAGCGTGTGAAATCACAGCCGTGAAATTTTTTCGAAAACTATTATTTGGCAATAAAATTGANATTAGCTGAAGAAAAACATATACAACGGTATACGANAATTAAGTAAAAGCTAATAAAAGAGTAAAAGTTGACTTTAAAAAAGTGAAATATACAAGTTTACATATACATATATGTATGTATATGTAGAGCACATGAGTGCGTGAATAATTA 0 0 3' arm Ceratitis_capitata mirnest 100 100 -53.1 ....(((((((............)))))))......(((((((.(((((((.(((((.(((((((....((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))).)))))))..(((((((((.(((..........))).))))))))).. (-53.1)