mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGGTTTTATGGTTTTATTT ATAAGTGATATAAGGCCAAGT CCAATAAGTGATATAAGGCCAAGTAAATAATTCGTTAGGGAGCAGATTTTTATGAATTAAGAATTAATGTTGAAACTATTTTGTCTTTTCATACTACACAATAAATTAAATTAGGTTTTATGGTTTTATTT AACGGCACTTAATACATTGAAATTCGATAAACCCTACATGATACTAGCCTACCAGGAACGCTTGATGCCCACTGTGGAACAACATTTCATCGATTCCGGTTTTAGGAGGGAGGACTTCAAGCCACATGGCGTAGCGTGGCATAATATCGAGCAGGAGAAGGCACTTCAATTCGCAGCGGATGCGCCAGCGGATTTTACTTTACGACGTCTAGAGAGGAAGCACGCTGGATTGGTTGATTCCCTTTGGCCACATCGCGAACCGGGCTCGGTAGCTTTCGTGGAACTCTTAATCACCTATAATGAAAGCGTGGGCATTTTCGATAGCGCCGGAAATTTAGTTGCATGGTGTTTAATATTACCCATGGGTGCTTTGGGTCTCCTGCAAGTGTTGGATACACACAAAAGACTGGGTCTTGGTAATCTAGCTGTACGCTATTTGTCCAAATTGATTGCAGCTAAAGGTTTTGAAGTAACAGCACCAGTAGTTTTCCAAAATGTGGCATCACGTTCGCTCTTCGCTAAGTTGGGATTCAAACCAATTGGCAATGCATATTTTGTAGTGGTGCCAGAGCGCAGCTAATTTTGAGGTGTTACCAATAAGTGATATAAGGCCAAGTAAATAATTCGTTAGGGAGCAGATTTTTATGAATTAAGAATTAATGTTGAAACTATTTTGTCTTTTCATACTACACAATAAATTAAATTAGGTTTTATGGTTTTATTT 5 1 3' arm Ceratitis_capitata mirnest 100 100 -17.4 ..((((((...(((((((((.(((...(((((.(((((.(((.(((((((((...(((((...)))))..))))).......)))).)))...)))....)).))))).))).)))))))))..)))))). (-17.4)