mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTGCGATGTGTTGCGAATT ATTGCATTGATAATAGTAAAATT AATTATCACGTTACTTTTACAAATTGCATTGATAATAGTAAAATTTAAGACAATAATGGCTCATGCCGTACATTTGGATGATGAGGAAATAGCTCTATTTCAAAAACGCGGTACATCTGTTGCACATTGTCCGGCGTCAAATACGATGCTATCTTCTGGTTTTTGCGATGTGTTGCGAATTATAAAACAAGGCGTGAAAG AATTGACCTAGTATGTTGCTAAATTATCACGTTACTTTTACAAATTGCATTGATAATAGTAAAATTTAAGACAATAATGGCTCATGCCGTACATTTGGATGATGAGGAAATAGCTCTATTTCAAAAACGCGGTACATCTGTTGCACATTGTCCGGCGTCAAATACGATGCTATCTTCTGGTTTTTGCGATGTGTTGCGAATTATAAAACAAGGCGTGAAAGTTGGATTAGGCACAGATGTTTCTGGCGGTAATTCGATGTCAATACAGGATGCGATTTTACGAGCACTGGATGTATCTCATCATTTGGAGTTCGTGAAAAAGCAAGATATTAAAGGTTGTGGCCGTTCATCAATTCAAGATCAACATTATCGACCACTTAATTATAAAGAAGCCATATATTTGGCAACACTTGGTGGTGCTGAAGCTCTGGCTTTGAGTAATATCACGGGAAATTTTGTGGCGGGTAAAGATTTTGATGCATTGGTAATCGATACTACCAACTATCCATTGCACAATTTCTATATTGTTGATGATAATAAGCCACAGGACTTGCAGTTGTTGGAATTGATACAGAAATTCATTTATGTTGGGGATGATCGCAATATTTTACGTGTATATGTAGCTGGCAAGCAAATTAAATAGATACAAAAATGTAGATTATAACAAACAAATTCACTTAACTTTTTATTAAAATACTTTAAATAATATACCTTTTTGAAATGTGATGACACAGAGTTGTACAACTCCAAATTTTGTTTATTCAAATAAAACATGTATGAACATGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 4 2 3' arm Ceratitis_capitata mirnest 100 100 -43.2 .....(((((((..(((((.((.(((((.((...((.((((((.((((((..((((((((.((((((((...((((((....(((.......)))...))))))...))))))....))..)).))))))..((((((......)))))).))))..)).)))))).)).)).))))).)).)))))...)))))))... (-43.2)