mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CACGCACGCACACAAACACAC ATGTATGTGTATGTGCTTGTA ACACTAACAACTGCACGCACGTACGCACGCACGCACACAAACACACAGCAGGCGCGAAAGAGTGTGAACTTCATGTGTGCCGCCCACAAGCTGTATGTATGTGTATGTGCTTGTAGTAGCTGCAGTATAGGCGTACG AAATGCAGAGCAAATAAAATAACAACAAGTTAATATGCGTTTAGTGGAATGACAACAAGAAATGTTCAGTAAATAAAATTTCGAAATTGTAGTGCAAGTCTTTTCACGCTCATGAAACGCTTCTCAACAACACTAACAACTGCACGCACGTACGCACGCACGCACACAAACACACAGCAGGCGCGAAAGAGTGTGAACTTCATGTGTGCCGCCCACAAGCTGTATGTATGTGTATGTGCTTGTAGTAGCTGCAGTATAGGCGTACGTAGGATTTCCTAAAAAAAAACGAATAGAATAAATAAATTAATAATGGAAAAATGAAAAATTAAATAAATTGTATGCATATAAATTAACAGATGCAATGAAAGAAATCATTTGAATATTAAAAATATATTAAACAAATTCAAAAACAAGAAGTAATGCATAATTCACACACTACATACATAACAGCAAGCAGTAAGAGAATATTTCGTAAAGTGTTCATATATAAACAAAAAGAAAAATAACTAAATATAAAAAGAGAAAATAAAAATATAAATAAAAAATAAAAACAAATTTAAGTATTTANAAATAAATTACAAGAAGAAACCGTAAAATTATAAAAAAAATTTTTTTTGTTTATTTTATTTTAATTTTTCTTAATCTTTTATTGTTTTTTTTTTTGCTAAAAACAATGCATTAATAAAATCGCTATTAGAAGTACATATGCATGT 4 0 5' arm Ceratitis_capitata mirnest IRES_L-myc 0.0001 100 -48.6 ...(((...((((((.((((....(((.(((((.(((((.(((.(((((.((((((...((((....))))....))))))........))))).))).))))).))))).))).)).)))))))).)))....... (-48.6)