mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGCATGTGTGC AAAGTGCACGCACGCCTCCT AGCATTTAGGATCCTGCTGATACAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGCATGCTTGATGTCATTGCAAAGTGCACGCACGCCTCCTGATGCCTTGTCTTCTTCATGGTTTAACT GGACATTGCGTGCAGGGACACACGCTTTTTCTTTTCTTTTGTGTGCTGGCGGATGAGGAGCAGTGCCAGTTGGATGGCTGCAGCGTGGCTTCCCCCCAGCCCTGGCCTTATTATCGGAGCAGAGTGGCCACATTGAACAAAGGAAGGGCTCCATAACTGATAACGGGTTGATGGTGCAAAAAAGACAGTTTTTTATTCTTCCTTCACTTGGATTGAATGGCGGTGCTGGTGCAGACTGCAATAATGAGAAGGGGATTAGGCGCAGTGGCTCGAGATGAGTAGCATTTAGGATCCTGCTGATACAGCATGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGCATGCTTGATGTCATTGCAAAGTGCACGCACGCCTCCTGATGCCTTGTCTTCTTCATGGTTTAACTCAAACTCTCTGACAGCTCAAATACAAATACTCTTAATGTGTCAATGACAAAACTGCATACTCAAGCCCCCCCCCCCCAAAAAAAAACACAAACATCCTGGGCCCCTCAGAGAGTGCATCCGGACGCCTTTTTGTAAGAGACAAGCGATTGTTCCCTTGGGTTTCAGTCTGCAGTCTTATGATGAGCATCTTGAGGACTGTGACGCAAAGAGTTTCCCAGCATAGTAATCTTGTGATAAGGTTCTGATCACTGTGACAGAGGTGGGTGTGTGTGCGTGTGTGTTACGTGTTTGTAGCC 5 1 5' arm Hippoglossus_hippoglossus mirnest 100 100 -32.3 .(((((.((((...(((((...))))).......((((((((((((...((((.((.....))...))))..)))))))))))).)))))))))..............(((...))) (-32.3)