mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTGTGTGTTTTTCTTTTCG AAAAGAGAGAAATATAACCC AAAAAAAGAGAGAAATATAACCCCACTTTTGTGGGGGAGAAAAAAATAAACAAGAAAAGAAACCTCTCCCTTGCATGTTGTGTGTTTTTCTTTTCG GAGCTTTAGGTGACNTATAGAACANGTTTGTACAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATGATATTCAGCCTTATTTTCTGAACATTAAGATTTTAAATAGAAATTTCGAAGTACGTGGGGTATCTGAAATAGATAAGTTTATGTAAATGTTTTTTTTATAAATTGCGAGTGATAAGCATTATCATATTCTATCAGTTCGGCAGTGCCTTTTCTTTGAGAATATTTACAATAGTTGTTAAAAGAATAAATCATGTTTTTTCTAAAAGGAAGTAGAATAATTACCATCAAAATGCGCCCAACAAATAAGCTTTTTGAAGCGATGGCAGCGTATTCATCCAAAGTTTCCCTGAACGATGTGGTCATCGCGTCGGCAGTGAGGACTCCCATGGGCTCCTTCAGGGGTAGTTTGGCGAGTCTCTCAGCTTCGGAACTTGGCGCTGTTGCTGTCAAAGCAGCAGTGGAAAGAGCTGGAGTTCCCAATGAAGAAATTAAAGAGGTCTATATGGGTAATGTCTGCTCAGCTAGCATGGGTCAGGCACCTGCAAGGCAAGCGGTAATTTTTGCTGGTCTTCCTAAAAGTACTATTTGCACAACAGTAAACAAAGTATGTGCATCTGGTATGAAATCCATCATGTTGGCCACACAGGGCTTACAAATTGGTTCTCAAGATGTAATACTAGCCGGAGGAATGGAATCTATGTCAAATGTACCTTACTATTTGAAGAGAGGCGAAACCCCATATGGAGGCATACAGTTAATTGATGGTATTGTGTTTGATGGTCTGACTGACGTATATAACAAATTCCATATGGGTAACTGTGCTGAAAACACAGCAAAGAAACTTAATATTAGTAGGCAACAGCAGGATGACTATGCCATTTCCAGTTACCAGAGGAGTGCTGCCGCATATGAAGCTAAAGCTTTTGCTGAATAACTTGGATCAGTCCCTGTACCTCCAAAGAAAAGGTCCCCCCCCGTTCCTGTTGCCCAAAAAGAAGGAAACCAAAAAATTAACTCCAAAAATTTTCTAAATTTGTCCCAGGTATTCCAAAGGGAAAATGGTCCAGTAACACCGGGAAGTGATCCACTTTGGATGATGGACCTGCCCCCCTGGGGCCTAATGACTCCCTAAACCGGCCAGCCCACAGGAAATAAAAACCCACTTTTCCCGGTTTTGTTGCCTTTCCCCATGGAAAATTGGGAACCCAATTTAATTTTCCCAATTTGCCCCACCCCGGTGTGTGATTTCCTCAACCCTCCCTTGAAAAAAAAACGCTGTGGGGACCAAAAAAAAAGAGAGAAATATAACCCCACTTTTGTGGGGGAGAAAAAAATAAACAAGAAAAGAAACCTCTCCCTTGCATGTTGTGTGTTTTTCTTTTCG 4 0 3' arm Spodoptera_littoralis mirnest 100 100 -24.6 ...((((((((((.(((((((........(((((((((((........................))))))))))).))))))).)))))))))).. (-24.6)