mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGATTGTTTGGTTTTGTGATT TCACAGAATCATTGGTCTTC ACACTTCCACCCTGCAATGTTATCACAGAATCATTGGTCTTCTCATTATATACAAGCTATATAATTGTTATAGCTAGGTAAACTAGCTGATGTTATTCTAAATTTACATTTATATATTTATACATTATGAAGCTGAAGAGATTGTTTGGTTTTGTGATTGAACGCGCTGATCTCCGGT GGGGCATTTAGGTGACCTATAGACACGTTTGTACAAAAAAGCAGGCTGGTACCGGTCCGGAATTCCCGGGATCTAAATTAGAACCACAGAACATGTTCTGTGATTAGAACAATGGCATCATGGCATAATCATATTCATTGATCCCCAGCCCTTGGACCGCCCTGCGAAGAGAGGAATTACATATTCTAGCGTATTTCAGTCTTATTGGGCTGAGTGCTACCTATAGCCTCCGTAGGAAGACGAGCCTTGCTAGCCACCGTAGCGCTTCTAACCCCAATTTACTGAAGCTACACTTGCCTCAAGTATCTACCTGGCTACCTACATAATACAATATATCGGTCTTAATATTTATAGGAATAAATGCAAGAAATCTAATGTTTGTCATAAATAAATATTTTGGCGCCAATAACATCGGAAGGCTGAAACGAAATACCAATTTTTAACTACCTAACATAAAGGTATTAGTAAATTACACCTAGGTATTGTATTCTTAGATCTCACAGTTGAAAATGTCCATTGATTACGGCCATAACAATGTCAACACTAGATCTGTTAAGCAAACTCAGGCTTAGGATTTAAGGTGCCTCTTGTATTAATAGTTTTGTCGCCTGTTTAGATATTTGAAATAATATTTATGCCTGTCACAAAATGCTTTCAGTAGGTATGAATCTCTTCAAAGCTATGAACTAATACTTAGTACCTAACGTAAGTGATACAACTCAATGTAACTAGATACTAATCGCTAATTACACTTCCACCCTGCAATGTTATCACAGAATCATTGGTCTTCTCATTATATACAAGCTATATAATTGTTATAGCTAGGTAAACTAGCTGATGTTATTCTAAATTTACATTTATATATTTATACATTATGAAGCTGAAGAGATTGTTTGGTTTTGTGATTGAACGCGCTGATCTCCGGTGGTAGTCCAATTTGAGAATAATTTTATAATTTTAAGCCCAATTTTAATGTAAGGAAATATTGGAGGCCAAACATTGTGCTTCCCTTTCCCTACTAAAAATCCCCAAAAAAAATACGTTCCATTTTATTACCCCAAACTATGTTACAAGGTACAAAGGCCCAGAAAACCATCCAATCACAATTCGGTCAAAATTAAATAGTTTTTTAACCTTTAGGTGCCAAACAAAAATGGTGGAAAAGTAAAAAAAGAAAGAACAAAAAGGAAAATTCCAATTTTCTTTCAAACCTTCCGGTCCTAAAAAAAAAAAGTGTGAAAAAAAACCAAAAAAAAAAAATAAAAAAAGAGGAAAAGGGGGGGGGGTGGTGTGCGGGGTGACCTGTGGACAAAAACATAAAAAAAAAAACAAATATATAAGCGACGCCACCCCCCCTTT 2 1 3' arm Spodoptera_littoralis mirnest 100 100 -35.8 .................((((((((((((((((.(((((((.((((((((....((.(((((((.(((..(((((((.....)))))))................))).))))))).))......)))))...))).)))))))..))))))))))))..)))).((((.....)))) (-35.8)