mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTTGGTATTTGAATGACTA GTTTTCAAATTTGAACTTTG TAAGGGGGGGTGGTTTTCAAATTTGAACTTTGAAGCATTTATAGAACTTTCAAAATTTTTGTCAGGAAAAGTTGAGCGAAAAGGTTTTCGAACTTTTCATATCTATTTTTAAAATATAGATGGTAAAGTTGGTATTTGAATGACTATTTTTATTA GGGGAAGATACTAGAGCAAACAATGACAACAGTTTTATAATTTTATGTAGAAGTTTAATTTGCAACATTTAATTGGAAATTTCGTATCATTTTTACATAATTTTAATATAATTCACAGTGTATTCATTTATTGTATTTACAATTTGAAATAGTGTGTTTAAATTATGATAGAATGTGAAATTTGCTATTAAATGCTACAAATTTAAATGAAGATCTCTGCTACAGCAGACATGTTTGAAACATTAATTTGTAGAATTTAATAGGAAATCTCGTATGCTATTTTTTAAATTACACTGGAAAAACGAATATTTATTATAAATCAATCAGTGAGCAGAGTTATTTCTTAGAACTATCATTTTATTTCAAGAAAAAGTAGGAATTTTTTGTTTTATAGTCATACATATCAATAAAAAAAATTTTGGAGACTGGAATTTGATTGAGAATATCAGAACTTAAATCAAAATTTGATAATCTAAATTAGTGTTGAGAATTGAGAATATTTTATTTTTAGAAGTTTTTGTAAGGGGGGGTGGTTTTCAAATTTGAACTTTGAAGCATTTATAGAACTTTCAAAATTTTTGTCAGGAAAAGTTGAGCGAAAAGGTTTTCGAACTTTTCATATCTATTTTTAAAATATAGATGGTAAAGTTGGTATTTGAATGACTATTTTTATTACTGTAATGATGAGTCCTATGTGTGTAGTTAGTATGAAATTATGTATTTTGTATGTATCAAAAGAATAGAGAGTGGTGGTTGTCTATTTTTTCTATCC 3 1 3' arm Peregrinus_maidis mirnest 100 100 -32 .....(((((((((((((((((...(((((((...((((((((....(((.(((((.........((((((((...(((((....)))))))))))))......))))).))).)))))))).)))))))...))))))).)))))))))).... (-32)