mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTAAACTAATATAAGAT CTTATATTAGTTTACAGAGGG TTCAGTATTTCGTAGGTGAGGGACTCTTTATCATGTACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGATCGTTTAGATCACTACTTTAGTGATCTAAACACTCTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTAACAACAAAGGATTGCCTTTGAATTGCATTTCCTC CACATAATAAATTCTATCTTGGTACCTGTAATTTGAGATAGTGGCCTTGTGTATAAAAATAGAGGAAGTAAGTAAGGTCACTTGGCTTGGAAAGATAGGCTATTTCAGTATTTCGTAGGTGAGGGACTCTTTATCATGTACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGATCGTTTAGATCACTACTTTAGTGATCTAAACACTCTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTAACAACAAAGGATTGCCTTTGAATTGCATTTCCTCTCGCAGCTCTCATTTGCACCTCTCCAGACACGTGGCTTTTCTCAACGCGTTCCTCTCCCAAACGCTGACAAGGTGAAGAAGATGATAATATATGCCGTTGATCATGCCGTGAACATTCTGAAGGAGCATTACCACTCTTCCCCGTTTGCTTGCTGACATTGTC 2 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 3e-30 tae-MIR1121 1e-26 -62.1 ....(((.((((.((((((.....(((((......(((((((((.((((((((((((((((..(((((((((((((...)))))))))))))..)))))))))))))))).))))))))).....))))).)))))).)))).)))........ (-62.1)