mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGGTTACCCAAGCAACTTTGC GAATGTTGCTCGGTGAACCCCT CTCTCCATGGTACCCGGAGAGAGGTTACCCAAGCAACTTTGCATCTGAACAACGAATGTTGCTCGGTGAACCCCTTTTCGGTATCGAAGTCCA CGTCCGGGAAAGCAGACACGGATGGAAGACCCTTGTGTGGGCAGGCAGAGACAAGGAAGGCTGGTTGCTGGCTGCTGGCCGAGGACCCCTGGTGAGCTCCTTTTGAAAGAGATCCTCTTCTGGAGGGTGGCCCTGTGTCCGTATGCAGGGCCTGCACTGTCCTCTTCCTGGGGCTGGGAATGGGGAGTGGGGTGTGAGCAGGGCTGTGTCCTCATCCTGACTAAAGCACCCATGCACCGTGTCCTCTGCTTCACATCATATCCTCCCTCCGGGGGTCCCAAGGTCACCTTCGGGATGAACAGAATGGTCAGGGAGGTGATGGGATGGTTGGCACCATGGGCGGGGAGCGGTCCTTGCAGAGAGTGAAGTTGAGGTCCCCAAATGTCCAGTATTCGAGCTGCACTTGGGGGAGACTCTTCAGGAAGCATGGCCACTGCAAAGCATCTGCCTTAGTCTGAGCGTCTCAGCCTCTCCATGGTACCCGGAGAGAGGTTACCCAAGCAACTTTGCATCTGAACAACGAATGTTGCTCGGTGAACCCCTTTTCGGTATCGAAGTCCACCAGGGACACCAACCCGGAGGCCAGGCACCTCAGAGAAGAAGGCTGCCACCAGCTCTGTTCTGGGGTAGCGGACGGATGGTCGACCAGTTGGAAAGTAATTGTCTCTAATGTACTTCACCTGGTCCACTAGCCGTCTGTGCCCACCACAGCCCGCGAGCCTCAGCCCGGTGCCTTTCCTGGTATTTGATGGGAGATCGAC 5 1 5' arm Cavia_porcellus mirnest mir-154 5e-37 oar-mir-409 4e-31 -27.2 .......(((((((.((((((.((((..((.((((((((((...........)))).)))))).))..)))).)))))))))))))....... (-27.2)