mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAAAA CTTATATTAGTTTACGGAGGG ACGAGCACTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAACGTTTAGATTATTAAAGTAGTGTCCTAAATCTCTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTATTAT GGCCCGGATACCGCATGATTCCCGCATATAATGGAGATGGTTGTCATCTACGAGACAATGATCCGAGAAGTCATAGGAAGGAGCGAGGCGAAAAGCCGAGTTGCTTTGAGACTTAAACCTTTGTTAGTTTGTCACCATTTGCTTTATCTAGTCACGAAGAAGAGTATCCATGCTTGCTTACTTTTTCCGTGTCGTCATCTTCATCACCCGTAACAACCAATGTATTCAGAGGTTTTGTTTACCCAATCCTCCCGGGACCAACGAGCACTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAACGTTTAGATTATTAAAGTAGTGTCCTAAATCTCTTATATTAGTTTACGGAGGGAGTATTATCTTTCTTTCTACTTCCGCATGTATACTCAAATCAATGGGAAGCAAGACATGAATAAACCAGAAACCAGGA 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 2e-21 tae-MIR1121 0.0003 -35.5 ......(((((((((((((((((((((((....((((((..(((((...)))))..))))))...)))))))))))))))))))))))..... (-35.5)