mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AATGTTGCTCGGTGAACCCCT AGGTTACCCAAGCAACTTTG CCTCTCCATGGTACCCGGAGAGAGGTTACCCAAGCAACTTTGCATCTGAACAACGAATGTTGCTCGGTGAACCCCTTTTCGGTATCGAAGTCCAC CGTCCGGGAAAGCAGACACGGATGGAAGACCCTTGTGTGGGCAGGCAGAGACAAGGAAGGCTGGTTGCTGGCTGCTGGCCGAGGACCCCTGGTGAGCTCCTTTTGAAAGAGATCCTCTTCTGGAGGGTGGCCCTGTGTCCGTATGCAGGGCCTGCACTGTCCTCTTCCTGGGGCTGGGAATGGGGAGTGGGGTGTGAGCAGGGCTGTGTCCTCATCCTGACTAAAGCACCCATGCACCGTGTCCTCTGCTTCACATCATATCCTCCCTCCGGGGGTCCCAAGGTCACCTTCGGGATGAACAGAATGGTCAGGGAGGTGATGGGATGGTTGGCACCATGGGCGGGGAGCGGTCCTTGCAGAGAGTGAAGTTGAGGTCCCCAAATGTCCAGTATTCGAGCTGCACTTGGGGGAGACTCTTCAGGAAGCATGGCCACTGCAAAGCATCTGCCTTAGTCTGAGCGTCTCAGCCTCTCCATGGTACCCGGAGAGAGGTTACCCAAGCAACTTTGCATCTGAACAACGAATGTTGCTCGGTGAACCCCTTTTCGGTATCGAAGTCCACCAGGGACACCAACCCGGAGGCCAGGCACCTCAGAGAAGAAGGCTGCCACCAGCTCTGTTCTGGGGTAGCGGACGGATGGTCGACCAGTTGGAAAGTAATTGTCTCTAATGTACTTCACCTGGTCCACTAGCCGTCTGTGCCCACCACAGCCCGCGAGCCTCAGCCCGGTGCCTTTCCTGGTATTTGATGGGAGATCGAC 4 1 3' arm Cavia_porcellus mirnest mir-154 5e-37 oar-mir-409 1e-31 -27.2 ........(((((((.((((((.((((..((.((((((((((...........)))).)))))).))..)))).)))))))))))))........ (-27.2)