mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTTTGTTGTTTTTTTTTTTT AAAAAAAAAGCACAAAATAAT AAATCTCAAACGAAAAAAAAAGCACAAAATAATTAAATACATTTCATTATTTGATTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGTAC CAGCGACGCTGACGTCGACAGCGCTGGTGCGAAAAAAAAAAAAAAAATCTCAAACGAAAAAAAAAGCACAAAATAATTAAATACATTTCATTATTTGATTTTTTGTTGTTTTTTTTTTTTTTTTGGTACGAGTCTATAAACATTGGTGCGCCCTTATGCTGCCCAATCATTCGCTCTTCAGATTCGCCGGAACGCGAAACATAACGCAAACCTAATCTGACAAATAAATATATATTTCAAGAAATATATAAAGCATGTGAACAATTGTAGCTCGAATATTTTTTACAACAAATTCGCACAATTCTTGCCAAAAAGAAAAAAAAAAAAATAATAAAAGTTCAAAAATATATGTACAAGCTAAATCAATACAAATTGAATTAAACTTTACAAATCAATTTAAAAAGTTCCTAAGTTCGTTAAAAGAAGAAATTACATAAAATAAAGCAGTTCCTAAAACACGCAACACCTGCCAGTATGACAGCACTTGGATTACTTTTGCTATCTATGATGGGTTATAGCCAACACATGCAACCTGTCGCAACGGATGGTGTTGCGGGTGGTGCAATAAGGAGCTCGCAGCTGTTGTCCCGCGCTGATTGGGGCGCCCGCATGCCAAAGAGGTGAATATTTCGAGGGCCCGCTCCGTAGTCATCATACATCATTCCTACTACCGCCCATGTGGACGACTCGGATGCATGCCACATGCCGAAATGAGACTTCCACAGTGATCGCGCTGGACACTTGCTAACTTTG 1 2 3' arm Drosophila_mojavensis mirnest 100 100 -18.3 ....((.(((.((((((((((((((((((.(((((((((........)))))))))))))).))))))))))))).))).))... (-18.3)