mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTGTGTGTGCATGTGTGT ACACACCCACATACACGCACA TTACCTGTAAGTTAAATGCGACACACACCCACATACACGCACACACACAGGCGCATTTCGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGCAAACTTTTCTAATTAAG CGAACGGCAGCAACAAAAAAAAATAAAAAATAAACAACTAACACAACAACAAAAACAACAGCAAAAAAGCAACTCTTAAGAGAAACACAATTTATTCGTGAGGGGTAACAAAAGAAAAGAAAAGAAAAAAAAAACAAAAATAAAAACAAATAAACAGAAAAGAAAATTCGGAAAATTTTCAAACTTACCTGTAAGTTAAATGCGACACACACCCACATACACGCACACACACAGGCGCATTTCGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGCAAACTTTTCTAATTAAGTAAGTTTTAAGCAAATTGTGTAATACAACAGCAACAAAAACAACAAGATATCAAATACTATATAAAAGCAAATTAAATCATGCGAAATTTATAATAACAAAAACAAGAAATTATATAAATATATATATATATATATAAATATATAAATAGTGACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACCATTATAGGGGCGGGCAAAATTAAGCAAATTAATTATGAATATAAATGAGTAGAGCAAAAAAATAATAATAACAATAATTATAATACACACACCCAAACACACACACACACAACTACATAGATGTAAACGAAAATGAAATAATTTCGTGCATATTGAATAATAATATACAAAACAAAACTTTTATGTTAGCTGAATACACAATTATGTAATGGGATGTCACTCTTTAATAAAGTCGAAAATAAAACCAAAAAACTTATTAGCTCTATTTGTAACCCACAAAAAAAAAAAGAAAGTTTATATTTTTAATAAATCGAATCCATTAAAA 2 0 3' arm Drosophila_mojavensis mirnest 100 100 -48.3 ........(((((...(((.(((((((..(((((((((((((((((((((.((.....)))))))))))))))))))))))..)))))))))))))))........... (-48.3)