mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCCGTAAACTAATATAAGNA TTTATATTAGTTTACAGAGGG TAGAAAGAAAGATAATACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGNAGATTTAGGACACTACTTTAATAATCTAAACGTTTTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTGCTCGTTGGTCCCGG GTCTTGCTTCCCATTGATTTGAGTATACATGCGGAGTAGAAAGAAAGATAATACTCCCTCCGTAAACTAATATAAGNAGATTTAGGACACTACTTTAATAATCTAAACGTTTTTATATTAGTTTACAGAGGGAGTGCTCGTTGGTCCCGGGCAGGATTGGGTAAACAAAACCTCTGAATACATTGGTTGTTACGGGTGATGAAGATGACGACACGGAAAAAGTAAGCAAGCATGGATACTCTTCTTCGTGACTAGATAAAGCAAATGGTGACAAACTAACAAAGGTTTAAGTCTCAAAGCAACTCGGCTTTTCGCCTCGCTCCTTCCTATGACTTCTCGGATCATTGTCTCGTAGATGACAACCATCTCCATTATATGCGGGAATCATGCGGTATCCTGGGCC 3 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-19 100 -34.1 ..((..((..((...(((((((((.(((((((((((((((..(.((((((...............))))))..).))))))))))))))).))))))))).)).))..)).... (-34.1)