mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTTTCTCGATGTTTTGTGTTC GTTACTGAGCACGAGTTGCCC TCGTATGTCTGAGTTACTGAGCACGAGTTGCCCACGGGCCTCGCGGTTCCGTTTGAGGTTCTATATACTGCGTTGTGTTTTTCGCCCTTCGTTATATTTAATATGCTTCTATGGGGTTTCTCGATGTTTTGTGTTCGCTGAAGTT CCCCCTCCCTTCCTCCCCCGCCCCGTATCCGCACCCCTGACATTTCAACTCCTGACCGTTCGCATGTGGGTAGGAGTCAGCCGCGTGTCCGCCAGTGNNNCTAGTGAGAGGCCGCGGCGCGTCCCCCTTATTGTTTAGTTCGGACGTCGCCGGCCACATTAGTATCGTTTTAGTAACTGGCGCCACCTCCAAGTTCCTCGGCCGGAGTCGGTCGCTGGATACGTTAGTGCTTAAGATTCGATAAGTCTGATACTGTACGACCCGCGCGTCTGTGCCGGGTGCGGGTGCGGGTGCGGGTGCGTGCGGGTGCGTCCGGTTCTTGTTTCGCTGAGCTTGTGGCACGCTTCCTTCCGCGAGAGTGCAGTGAGGACGGTCGGCTTGTGTTTCTCTCACACTCCAGTTCCACAGCAATCAAATAAGTTAAGTCCAATAGACAAGCTCCCGGCTGCCGGGACGCCTCCGGTCGGTTCCCTTCAGGGTATGATCTTCGTATGTCTGAGTTACTGAGCACGAGTTGCCCACGGGCCTCGCGGTTCCGTTTGAGGTTCTATATACTGCGTTGTGTTTTTCGCCCTTCGTTATATTTAATATGCTTCTATGGGGTTTCTCGATGTTTTGTGTTCGCTGAAGTTTGTGAGCCGTCTCCGTCGCCTCTGTGCGTTCGAGCGGAGTTACCCTGAGAGCGTTTTTATTAAAGAAATATTTATAGATTTATAACGACCGAGGAGTTAGTGTAAGGAGTAAGTAACTCGAAATGCCTTGAGTCCTGGTCCAAGAATCCCGAGATTCTTTATTCGGCTGTCTCGTTCGATCCCTATTTATTTTTCGAAGTGTGATCGTAAATGA 4 2 3' arm Danaus_plexippus mirnest 100 100 -29.2 .......((.((..(((.(((((((((..((((..((((((((((....)))..)))))))..((((..((((..((.....((.....)).......))..))))...))))))))..)))).))))).))).))...)).... (-29.2)