mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGTTGTTTGGTTTTTTTTTC AATAAAAGCTGGAACCCTC GTGTGGCTGTGGTTGGGTGTTGGGTTGTTTGGTTTTTTTTTCCCCTCCTTTGAGAATTTTCTTTTGTAGAAGCAAAATGAAATACTTTTTTAAAACTGAAATCTGTGGATGAAATAAAAGCTGGAACCCTCCTCTTGGAACATTCAGCC ACATCATTAATGAGATTTTTCTTCAGCCACCAGTGTTGGCTTCGAAGCAGAGGGCTGCAGCCCCTGGTGTTTGTAATATAAGAAAGAATACGCAGTGTGGCTGTGGTTGGGTGTTGGGTTGTTTGGTTTTTTTTTCCCCTCCTTTGAGAATTTTCTTTTGTAGAAGCAAAATGAAATACTTTTTTAAAACTGAAATCTGTGGATGAAATAAAAGCTGGAACCCTCCTCTTGGAACATTCAGCCTAAGAACCTCATGGGACTATGAATTCACCCAAAATTTTCATTTGCCATCAGGCCGAGCTTTTAAAGAAAAAAAATAAATTGTTCTCTAACCAGGATTGTAACAAAAGTGTAAATACTATTTCAAAGTTGAAAGTTGACGGTGCAAATATGTATATAACGTACTGTATTTTTACAATGATCGTCGCATGACTCTATTCCGCCCCCTTTTTGTACTCCGTATCTGTCTTCCAGAAACACCACCTG 1 2 5' arm Bos_indicus mirnest 100 100 -33.5 ....(((((..((((((....((((..((((((((((.((((...(((((((((((.((((((((((....)))))).))))....))))))))............))).)))).)))))))))))))).))).....)))...))))) (-33.5)