mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGGCCAAAAAGTTTGTTTGGG TGGATGAACTTCTGGGCCAAC CTAATAGTATTAGGTTGGCCAAAAAGTTTGTTTGGGTTTTTTTATAATGTTATGAAAAAACCTGGATGAACTTCTGGGCCAACCCAAGTTTTCTA GAGCTTTGGATGAAGCTACCAAGTATGCCCTGGAGAGAAAAACGTTTGGAAAGCTGCTTATAGAGCACCAAGGAATATCATTTTTGCTGGCTGAAATGGCAATGAAAGTTGAACTAGCTAGATTGAGTTACCAGAGAGCAGCTTGGGAAGTTGATTCTGGTCGCCGAAATACCTATTATGCCTCTATTGCAAAGGCATATGCTGGAGATATCGCAAATCAGTTAGCTTCTGATGCTGTTCAGATTTTTGGAGGCAATGGATTTAATACTGAATATCCTGTAGAAAAATTAATGAGAGATGCCAAGATCTATCAGATTTATGAAGGTACAGCACAAATTCAAAGGCTTATTATAGCCCGTGAACACATTGGCAGGTATAAGAAGTAACCAGATCACCGTGTTAATAATCGTTGAGTAATTAGAATATGATCTACTATTTAAACTCCAGGAAAGAATAAGGGCTTTAAGGGTTTTTTTCCAGCGAAAATTTTAACATAGGCTCTCATGTACTAAACCTGTATAACTGATTCTAATAGTATTAGGTTGGCCAAAAAGTTTGTTTGGGTTTTTTTATAATGTTATGAAAAAACCTGGATGAACTTCTGGGCCAACCCAAGTTTTCTACTTTTGTTTAACTTTATGACTTGCCTTTTCTATAACACATTTGGTTTTATTAAAGTTATGTGTTTTCCTTTAGTTCCAGTGTACCTGAATTACATTAACCTAGAAAAATACGTTTGGTTTGTTGTTTTAACCTCTGAAAATTAGAGAAACAGAAATTTCTTGGAATTTCAGTGTTTTTCCAAAGACAGAAAAGAAGGTTTATAAAGTATTCAGAATGTTCCAAATTTACATTGAGAAATATTCTAGGATTTAAATAACTTGTCAGTGACTTTGT 3 0 5' arm Bos_indicus mirnest 100 100 -37.1 .........((.((((((((...(((((((((((((((((((((((....)))))))))))))))))))))))...)))))))).))........ (-37.1)