mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAAAG TTTATATTAGTTTACGGAGAG TTTTATGCTAGCTACTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAGTGTTTAGATAACTAAAAGTGCTTTAAATGCTTTTATATTAGTTTACGGAGAGAGTATAAATGTCGGTCTA ATTGAGGAACATGCTCGAACATGTCAATTATATGAATCTTTCCGAAGACAAGAACGAACAAATTAATTGGAGTATGCATACATGTAGATACATTCATGGTGTGTATACTGTATGTTGATTGATTTTATGCTAGCTACTACTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAGTGTTTAGATAACTAAAAGTGCTTTAAATGCTTTTATATTAGTTTACGGAGAGAGTATAAATGTCGGTCTACTGCACGAGGTAGTTGCCGAGCGCCTGCTGGAGTACGCCGCGGAACCGGCCGAGGTCAAGGGTGATGTTCTGGCCGTCCATGAGCGTCTGGCGCATGAACCCGAATCCCTCCC 0 0 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 8e-24 tae-MIR1121 0.00002 -41.4 ......(((.((...(((((.(((((((((((((((((((((((((((((..(((...)))..))))))))))))))))))))))))))))).))))).....)).)))... (-41.4)