mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTTTGTTTGGTTTTGTTTCA AGAAAAGACTTAAAAAAAGAG AAGGCATAGTGTGGGCAGCAAGAGAAAAGACTTAAAAAAAGAGAGGGGGAGCAGATTTTAATATCACGTGTAACATCGCTTGGCTGCTTTTGTTTGGTTTTGTTTCAGTCTGTTTAAGGCAGGATA GTTATCAATGAAAACAGTTTATTGGCTTTAAATATACATCAGTAAATTTTTAAATGGTAGTTTATGTTTTACGATAAAAGAACACTGAACCAAAACATCAGAGGAAATGAGGCTCAGTAGCATGATTTCAATATATTTTCCTGGATTAAAAAGACTGTTTTAAAAAAGTATATGACTTTTAATCTAAGAATGAAAGCTCCATGAGCTCAATGTTTAGCACTGAATTGTGACTAAATTTAAAAAACAGAGTTCATAAAATAAAGGCATAGTGTGGGCAGCAAGAGAAAAGACTTAAAAAAAGAGAGGGGGAGCAGATTTTAATATCACGTGTAACATCGCTTGGCTGCTTTTGTTTGGTTTTGTTTCAGTCTGTTTAAGGCAGGATAATCTCTCTGCAACCCTGAAGATAAACTCTAGTGTTTTAGCTATAAGAAAGTTTTAAGAGTTCAGATATACAGATAAGCCAATTAAAAAAAAACCCAAACCATTTTCTTACAGTATTCTAAAGACTTTTAAGCATTATATAAATCTTTAAAATTCCTATCACCCCCACTTTAAGAAATAAATCTACACTTTCATAAGGCACTCTTAAGACATAAAACAGTTTTGAAAACAGTTACATTCTACACTAGGGATAACCCATTCCTTTGCCATAGGGATGGAGTGGATTG 4 0 3' arm Bos_indicus mirnest 100 100 -26 .........(((.....))).((((.((((((.((.(((((...((..((((.(((.(((..........))).)))))))..)).))))).)).)))))).))))..(((((.....)))))... (-26)