mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GCGCAGCAGAGGATCTGGTGG GCCTCGCCTCGGTTGCGTTT GTGTCATGCGAGCGCAGCAGAGGATCTGGTGGATCGGTCTCCCGAGGACGGTCGTACACTGTCGAGATGAACGCCTCGCCTCGGTTGCGTTTGCGCTTTT CACTTAAAAAGGTGATTAAGCCTTCACTGGTGGCCCTTCACAAATGACTTGCGAAAGTGCAGGTAAGTGGTGTCATGCGAGCGCAGCAGAGGATCTGGTGGATCGGTCTCCCGAGGACGGTCGTACACTGTCGAGATGAACGCCTCGCCTCGGTTGCGTTTGCGCTTTTTCTTCGGGAACTTTCGTACCAGCTTTTCGCCTCGGTAACCAAATCCAGACCTGTCCCAAGGGTGTTGTCCAGCATCGTCGATGGGCGCAGCTATGCCTTCCTTGGCACGACCAACACCTTCGCCTTCACTCCAGCCTTGCTGCTTCAGGATGCGGCTACCAAAGCCCTTTGTGTATTTCTCAAACGAAGCCAGCCTGTTCTCATCGTCCATCTCCTCGGGGGTCTCCCTCAGCCTCTTGAAGTGCAGCATGGACACGTAGTCCCTCGCGTCCTTGTCTCCCGATTCAGGGTTGTAGTAGATGCTCATGTCAACATCCCAGTCATCCGACGTCTTGGCGTCAAAGTCGCCCTCTACTTCATCCCAGAACTGTGCATCGGTATAGAAGACTAGGCCAGAACCGCCCTTCTCCCACTGAACTTCGAGTTCCTCTTCAAAAAGGCGTTCCCTCGTCCGTTCTTGGGATGTGACGTCGTTATGCAGAGCTTCGTGCCGGTCCCACTCCTCGCACTCTTCATCGTCGCTCTCTTCCCGGTCCTTCTGCACATCGTCGAAGTTCCGCTCTTTCTCACGTTTCACGAAGTGTCACCACCGCTCTCCGGTCGGCTCGGGCCGGCACTGGATAGAACGGCACCGGTCGCTGTCCGCACGAGAGGGAGTTTCCG 5 1 5' arm Rhipicephalus_appendiculatus mirnest 100 100 -37.5 ......((((((((((((.((((....((((..(((.((((.....((((((.....))))))))))))).))))...)))).))))))))))))..... (-37.5)