mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGACTCTCTTAAGGAAACCAT GGCTTCCGGAGGGGGTGATG GTAATGTTTTAGGTGAATTAATGGCTTCCGGAGGGGGTGATGAAAATGACGAAGATCAAGACTCTCTTAAGGAAACCATGCTGGAGACTAATATTTAC GTCTTTATTATCATCAAGTCACTATTAAAGCTTCACCCAAATTAATGAACAAAGGATCGGTTTATTTGCATGCATTCGTTACAAAATCTGGTGAATCCCCCGATCCAAAAGCACCCAATTTTGCTAAGAATGGTTTAATGGGTTACCAACAAAAGCAATTGAATAAATACAAGAAAATACGTGTTAATCGTAATTATAATCTTTTGGCTAGTGAAAAAGAAAAATTGGCATTTGAATTAGCTCAGGCAAATTTGAAGGACACCATTGTCTCACATTGGCATACAAATCTGACAATTAATATAGTAGTGGATCAAACAAATTGGGCACAGGGTACAGTGCCACCACCTTTGGATGAATATGTAAAATTTGTTGATGGTGGCAAAACTTATTTACCCATAGTATTTGTCAATGACTATTGGAATTTACAACGTGATTATTATCCTATTAATGAGACAACACCGGAATTGCCATTACATTTAACTTTTCAACCCATTGGCATGTTTAAATGGCAATTATATGCAGCCCAACAAATGAAGAACAAATTTGCTGGTAATGTTTTAGGTGAATTAATGGCTTCCGGAGGGGGTGATGAAAATGACGAAGATCAAGACTCTCTTAAGGAAACCATGCTGGAGACTAATATTTACCTTTTGGCCCTAACTATAGCCATCTCTATATTGCATTCAATCTTTGAATTGTTGGCTTTCAAAAATGACATACAATTTTGGAATAATCGTCAATCGCTAGAGGTCTTTCCGTACGTTCAGTATTCTTTGGTGTATTTCAAGCTCTAATCGTTTTACTTTATGTGCTCGATAATGAAACCAATTCATGATTCGTGTATCTGTTTCATAGGTAGCATTGAATATGGAAATTATAAGTCGTTGATATCACTATATACGATCAAATTATTTGTATTTACTACAATCTCCTTAGAT 4 1 3' arm Cochliomyia_hominivorax mirnest 100 100 -22.6 .....(((((.(((......((((.((((.((((((((..(((............)))..))))))))..)))).))))))).))))).......... (-22.6)