mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTCTGTAAACTAATATAAAAG TATATTAATTTACAGAGGA GATTTTTCTGCCTTCTGCTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAGAGCTTAGATTACTAGAGTAGGGTTTTAAATGCTCTTATATTAATTTACAGAGGAGTACAAAACATTAACAGA CTAGTCAGTATTTAGGGATTTTTCTGCCTTCTGCTCCCTCTGTAAACTAATATAAAAGAGCTTAGATTACTAGAGTAGGGTTTTAAATGCTCTTATATTAATTTACAGAGGAGTACAAAACATTAACAGATGCCGCCTATATAAAATGAAGAACATCCATACGTACTCCATAACATTCCTCTCCAAGAAGCAGCACAACTAGTCAGGGCGTTCAAAAGTCGGTGGTACCAGAAGATTACAGTATTACCAAAAACCATATCAGTCTCGATTCGCTCTGATTTTGACAACTGTTGTACGACAATAGATAAGTTTCTCTTCTGTTGCTAATAGTAGTACAGGATGCAACGCCATGGATCGGCAGTTGAAACTCACCGAATCCCA 2 2 5' arm Hordeum_vulgare mirnest MIR1122 1e-16 100 -29.5 ............((.((((((.((((((((.(((((((..(((((.......(((.......))).......)))))))))))).)))))))))))))).))............ (-29.5)