mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATATAAAGATGTAACCTATT TTTATTTATTTTTTTATATATA GCCAAATTGGGTATATAAAGATGTAACCTATTCTAGTTATAATTCAGTACTGATCTTTAATGATAATCAATACTTAAAATATACGTCATGTTTTGAATATATATTTTGAATATTTTTCAAGGTGTGGTGTCTAGAATTTATTTATTTTTTTATATATACTGCAACA GTAGGACTCAAGTGATTTTTTTTTTTTTCCAGAGGTATTCCAAACCTCCCACCTAAAGAGCTTCACAGCCATGGTCATATAGCACTTACCCGTACGTACTGTGCATCATAATCCTGTCTGAGCTGAGGCTGATGCTGAAAATCAATGTCTGCTGTCATCGTATGGAAAAGAGCAGTTTGGATATTCTGGAAAAATGATATGATATTGACATGGGTCAGTAAGACTTTTATTCAGCATTGATGCATTAAATTGATCAACAAATTAGGTGACAGTAAATACATTTATTCTAGTTTACATAAATGCTGTTCTTTTTTAAACATGTGACACCAAAGGCTGCTGAAAATTCAGCTTTGCCAACACAGGAATACATTGTATTTTTATTTGTAATAATATTACCATTTTTAAATTGTACTTTTGAATGCTATAGGTAAACATTGCCAAATTGGGTATATAAAGATGTAACCTATTCTAGTTATAATTCAGTACTGATCTTTAATGATAATCAATACTTAAAATATACGTCATGTTTTGAATATATATTTTGAATATTTTTCAAGGTGTGGTGTCTAGAATTTATTTATTTTTTTATATATACTGCAACATATCCTAACTGCAATCAAAATGCAGCATTGTTGTAAAACTCTTTTATACATACTAAGATGTTTACAAGTAGCGTGTCTGTAATGTTGTTCGTAATACCGTGAATCACAGAATGCCGCAATCCAAACATTTGCTGACTAAGACACCCTTTTTCCCCCTTTGTGGTTCGCGCTGTCAGTTTGACACGGTCACTGTATAATATTTTGGGTGAGCATCTGTTTCTACAGGGCAGGAACTGAGCCATCAT 4 1 5' arm Rutilus_rutilus mirnest 100 100 -28.7 .(((...)))(((((((((((.((((...(((((((.(((.((((.(((.((((...........)))).)))..(((((((.....))))))))))).(((((((((((.....)))))))))))))).)))))))....)))).)))))))))))......... (-28.7)