mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAGGCACGCGGTGAATGCCA GTGTTCACAGCGGACCTTGAT AAAACAGGCCTGCTTTTCTTCGTGTTCACAGCGGACCTTGATTTAAATGTCCATACAATTAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGAGATGGCAAATATC GAGCGCCTTCTTTTATTGCATCACTCGGGCCTTATGTTGCACCAACACATGGTGGAGATATGCAGACCGTCCTGAGGAGATAACGCACTCGTGCCATTCGAAAAAAATAGGTAATGTAATAACTGGGAACGCTTGTTTGAATTATTATGTGTGTGTTGATGCACAGATGCCATAAGAATGCATGATGCTCTGTGCAATGTTGGATGCTGATGCTGATGCTACACCAGTCGGAGGAGGACGTAGACATTTTGGTGCAACATCGTTGCTGCATGGGATATACTGTAGCTAGTTGTGCGATTCTCAACATTGTGGTTGAAAACAGGCCTGCTTTTCTTCGTGTTCACAGCGGACCTTGATTTAAATGTCCATACAATTAAGGCACGCGGTGAATGCCAAGAGAGATGGCAAATATCATCGATGAATGCATTTAAAAACTGCACGAATTAGTCCGTGCTTGCGATGCATGACAGTTCTTATTTTCTTTCGCTCGGTTTTTTTGCGAGAGAGAGAGCTTGTGTGGAGGCGAACCGACGCATCAATGCGGCCAAACTGAGCTTTAATATTTCATTGCGTTCTTCCATAATTTTGTGCTGCGCAAAAGTGCGTATCCTTGAATATTATGTAGTGTCATTATGGCCATATACGAGTTCAAAACACTAACTGTTAACCTTGAGGTCTGATGAAACGTCCTTTTGTTATTTGTCTATTTAGAAGACGCTTTTAAAATCTAGAAACGCCACATACAGTAGTCTCATTTGCAGACATATACATGGGACACTATGTCTTCGGGAGAAGATGAAGAATAATATGGTTAGAAAAGTTGTGAGGCCTTAAATGACAATCAATTTAAACAGAACACATCAC 4 0 3' arm Rutilus_rutilus mirnest mir-124 5e-40 dre-mir-124-2 7e-42 -31.1 .......(((...(((((((.((((((((.(((..((((((((.............))))))))..))).)))))))).)))))))..)))....... (-31.1)