mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATACAGACACACATACACAC GTGTGTGTGGTTCAGTAATG CGTACAAACAGCATACCCAAGTATACAGACACACATACACACACACTTACAGATTCGAGTACAGAGAGAGCCGAAAATTAAACACAGCCAGATTCAAAATCTAATTTAGTAGCTAAGCTGACGTTAAAAGCGGAACGGAAGGATATGCAACAACGGTGTGTGTGTGGTTCAGTAATGTGGGGCTGGCTGTCCACT GGCGCCGAAGCATTACAAATCGTAAGTAAGTTAGGAAAGAGAGAGAGAAAGAGAGAGACAGAGAAAGGATATTAAAAGTCACCTTCAACAAAACCCAGTAATTCAGCAATAGAATAACAGCGCGATACACACACGTACAAACAGCATACCCAAGTATACAGACACACATACACACACACTTACAGATTCGAGTACAGAGAGAGCCGAAAATTAAACACAGCCAGATTCAAAATCTAATTTAGTAGCTAAGCTGACGTTAAAAGCGGAACGGAAGGATATGCAACAACGGTGTGTGTGTGGTTCAGTAATGTGGGGCTGGCTGTCCACTGCTGCACATTGTTCTCCGAATCCCACTTTTTTTGGTAGCCTTGTGTTCCCGAGTTTGTTTTTCTTTTCTTTATAAATTGTTTTGATAAATTTGGCTTTTTTTTTCAACGAATCAATGTGATCGAAGAAGAAATTGTTTCCTTGTGTTCCCGAAGTGGATTTTCAAAACGGACTTTCAGTTTAAAAGGCGACTCTGTTGCCATCCATTGGTCGAGGTCAACAGCAGGGGTGAAGAGGGAGACGGAGGCATGGGCAGCGGTGGACCACCACCAAGGT 3 1 5' arm Anopheles_stephensi mirnest 100 100 -39.3 .......(((((...((((.((.(((.((..(((((((((((..((((........))))..(((.(((...(((.................)))....)))..))).((.((....((..((((........))))...))....)).))....)))))))))))..)).))))).))))....)))))..... (-39.3)