mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGCAAGGTGCTGGCATTGCA TAATGCCAACTTTGTACAA TTTTTATAATGCCAACTTTGTACAAAAAAGTTGGATAGGATACACAGAGGACCAAGTTGTCTCCTGTGACTTCAATGGTGACAACCATTCCTCCACCTTTGATGCAAGGTGCTGGCATTGCACTG TTATTTTGACTGATAGTGACCTGTTCGTTGCAACAAATTGATGAGCAATGCTTTTTTATAATGCCAACTTTGTACAAAAAAGTTGGATAGGATACACAGAGGACCAAGTTGTCTCCTGTGACTTCAATGGTGACAACCATTCCTCCACCTTTGATGCAAGGTGCTGGCATTGCACTGAA 3 2 3' arm Meleagris_gallopavo mirnest 100 100 -36.9 ......((((((((((((((((....((((.((((..(((..(((((.((((......)))).)))))......(((((....)))))))))))).))))..))))))))..))))))))..... (-36.9)