mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATATGTGTGTGCATGTATTTA AAAATTCATATATATATAT GCTGAAAATTTTGAAAATTCATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGCATGTATTTAATAATTTGTA GCACGAGGCAAGAATGGGTACAACGTATGCTCGCTAAGCAAGGCTGAAAATTTTGAAAATTCATATATATATATATATATATATATATATGTGTGTGCATGTATTTAATAATTTGTAATTTTGCAAGATAAGAAATAAAATACATTTGT 2 2 3' arm Trichinella_pseudospiralis mirnest 100 100 -14.6 .....((((((((((.((.((((((((((((((((....))))))))))))))))...)).))))).)))))... (-14.6)